Hovedforskjell: Archaea er single-celled organismer som mangler kjerner og frigjør metan som et produkt av metabolisme. Bakterier er encellede organismer som mangler en kjerne, mitokondrier, kloroplaster, golgibodies og ER.

Organismer er viktige for vår eksistens som mennesker og alle andre levende ting utviklet seg fra dem. Organer kan klassifiseres i to kategorier: eukaryoter og prokaryoter. Prokaryoter mikroorganismer kan videre klassifiseres i tre domener: eukarya, bakterier og arkea. Dette kan bli litt forvirrende da disse to er like i utseende og kan ofte forveksles ut fra å se alene, selv om disse er forskjellige fra hverandre på mange måter.

Archaea er et domene for single-celled mikroorganismer. Archaea ble opprinnelig klassifisert under prokaryoter som archaebacteria, men denne klassifiseringen anses nå for gammel. Archaea er nå et riktig domene i et tre-domene system for en type enkeltcellede organismer som de har en uavhengig historie og har mange forskjeller fra andre mikroorganismer. Archaea er videre delt inn i fire anerkjente phyla, men mange flere phyla kan eksistere. Ordet 'arkea' er hentet fra gammelgresk ἀρχαῖα, som betyr "gamle ting". Archaea-mikroorganismer har ingen cellekjerne eller andre membranbundne organeller i sine celler. Archaea ble først delt inn i en egen gruppe i 1977 av Carl Woese og George E. Fox basert på sekvensene av ribosomale RNA (rRNA) gener. Det ble opprinnelig kalt Archaebacteria og Eubacteria, som senere ble omdøpt til Archaea og Bacteria. Merriam Webster definerer "arkea" som "mikroorganismer av et domene (Archaea), inkludert spesielt metanproducerende former, noen røde halofile former, og andre av harde varme sure omgivelser (som en varm vår)."

Archaea ligner på bakterier i form og størrelse; Dette er hvor forvirringen stammer fra, men noen arkea har svært uvanlige former, slik som Haloquadratum Walsbyi-organismer har flate og firkantede celler. Archaea er også de eldste organismer som har blitt oppdaget. De varierer i fra 0, 1 mikrometer (μm) til over 15 μm i diameter og forekommer i forskjellige former, inkludert sfærer, stenger, spiraler, plater, lobede celler, nållignende filamenter og rektangulære stenger. Selv om archaea ligner bakterier, har det gener og metabolske veier som ligner på eukaryoter, inkludert å ha tre RNA-polymeraser. Archaea stole på eterlipider i deres cellemembran for overlevelse. En annen unik egenskap ved arkea er at de kan overleve i ekstreme forhold, som ekstremt varmt, ekstremt kaldt eller ekstremt saltvann. Også, arkea cellevegger mangler peptidoglycan, som er tilstede i bakterier. I de fleste arkea er veggen montert fra overflate-lag-proteiner, som danner en stiv rekke proteinmolekyler for å dekke utsiden av cellen, lik en kjedepost. Archaea skaffer seg energi fra forskjellige kilder som sukker, ammoniakk, metallioner, hydrogengass, sollys og karbon, mens du produserer nitrogen, metan, svovelsyre, etc. som et biprodukt. Archaea reproduserer gjennom tiltak som binær fisjon, fragmentering eller spirende. Archaea spilte og fortsetter å spille en stor rolle i karbon syklusen og nitrogen syklus på jorden.

Bakterier er det største domenet til de prokaryote mikroorganismer. De antas å være blant de første livsformene som dukket opp på jorden, og er tilstede på de fleste habitater, inkludert bosatt i kroppene av mennesker, dyr og planter. Det anslås at det er omtrent fem nonillion (5 × 10 ^ 30) bakterier på jorden. Selv om bakterier opprinnelig ble vurdert som planter som utgjør klassen Schizomycetes, er den nå klassifisert under prokaryoter. I motsetning til celler av eukaryoter inneholder bakterielle celler ikke en kjerne og har sjelden membranbundne organeller. Begrepet "bakterier" er flertallet av den nye latinske bakterien og er avledet fra det greske βακτήριον (baktērion) og βακτηρία (baktēria), som betyr "stab, stokk" som refererer til formen av organismer som ble funnet på tid. Begrepet "bakterier" ble brukt til å referere til alle prokaryoter, selv om det senere ble endret som flere funn funnet forskjeller mellom organismene.

Bakterier er vanligvis få mikrometer i lengden finnes i en rekke former, inkludert kokos, baciller, vibrio, spirilla, spirochaetes og cuboidal. Bakterieceller er omtrent en tiendedel av eukaryotiske celler og er vanligvis 0, 5-5, 0 mikrometer i lengde. Formen på bakteriene bestemmes av cellevegg og cytoskelet som forandrer seg og tilpasser seg for å motta riktige næringsstoffer, feste til overflater, svømme gjennom væsker og rømningsdrevne. Bakterievegget er omgitt av en lipidmembran som omslutter og holder næringsstoffer, proteiner og andre essensielle komponenter i cytoplasmaen inne i cellen. Som prokaryoter har bakterier ikke membranbundne organeller og inneholder derfor få store intracellulære strukturer. De mangler en ekte kjernen, mitokondrier, kloroplaster og de andre organeller. De har også bare én RNA-polymerase. Cellemembranen inneholder esterbindinger, mens celleveggene er laget av peptidoglykan. Bakterier vokser og reproduserer aseksuelt gjennom binær fisjon.

Bakterier er en viktig del av planeten og spiller en stor rolle i resirkulering av næringsstoffer, som fiksering av nitrogen fra atmosfæren og putrefaction. Selv i ekstreme forhold gir bakterier næringsstoffer som trengs for å opprettholde livet ved å konvertere oppløste forbindelser som hydrogensulfid og metan. Bakterier kan også skade kroppen ved å produsere en rekke sykdommer hos mennesker, for eksempel åndedrettssykdom, HIV, etc. For mange plager brukes antibiotika til å kvitte seg med skadelige bakterier. Bakterier har også andre bruksområder som kloakkbehandling, nedbryting av oljeutslipp, produksjon av ost og yoghurt, gjenvinning av gull, palladium, kobber og andre metaller.