Hovedforskjell: Den katolske Bibelen inneholder de opprinnelige seksogti-seks bøkene i Det gamle testamente (som inkluderer de syv bøkene i Apokrypha) og de syv og syv bøker i Det nye testamente. Den protestantiske Bibelen inneholder bare de 39 bokene i Gamle Testamentet og de syv og syv bøker i Det nye testamente.
En stor forskjell mellom de katolske og protestantiske kirker er deres tro på Biblene. Katolikker ser på Bibelen som lik autoritet med kirken og tradisjonen, mens protestanter ser på Bibelen som den øverste myndighet for tro og praksis.
Man bør legge merke til at Bibelen ikke bare er en bok; Det er en samling av bøker fra skrifter til historiske hendelser. Det er et bibliotek med historier om Jesu liv, hans apostler og deres liv etter at Jesus døde på korset. I slutten av 4. århundre ble disse forskjellige volumene og historiene overholdt i ett volum, som i hovedsak er den moderne Bibelen, som vi vet. Den moderne Bibelen består av to deler: Det Gamle Testamentet og Det Nye Testamentet.
Både de katolske og protestantiske biblene inkluderer det nye testamente i samme format. Forskjellen oppstår i Gamle Testamentet. Det gamle testamente som inngått i den protestantiske bibelen gjennomgikk kanonisering av doktriner eller bøker. Canonisering er en prosess for å velge hvilke bøker som skal forbli og bli en del av Bibelen, og som bør utelukkes. Den protestantiske Bibelen inneholder bare de bøkene som ble ansett som Guds ord. Bøker og historier som ble ansett å være skrevet av "mann" ble utelukket. Denne prosessen med kanonisering tok mange århundrer.
Det Gamle Testamentet i den opprinnelige Bibelen var basert på en gresk oversettelse av jødisk skrift, kalt Septuagint. Omkring 100 e.Kr. revidert jødiske rabbiner deres skrifter og etablerte en offisiell kanon av jødedommen som utelukket noen deler av den greske septuaginten.
Bøkene fjernet var Tobit, Judith, 1 Makkabeer, 2 Makkabeer, Visdom (Salomo), Sirach og Baruch. Deler av eksisterende bøker ble også fjernet, inkludert Salme 151 (fra Salmer), deler av Esthers bok, Susanna (fra Daniel som kapittel 13), og Bel og draken (fra Daniel som kapittel 14).
Den romersk-katolske kirken fulgte imidlertid ikke i protestantene, og fortsatte å basere sitt gamle testamente på Septuagint. Så, i utgangspunktet inneholder den katolske bibelen fortsatt de opprinnelige førtiseks bokene i Det gamle testamente (som inkluderer de syv bøkene i Apokrypha) og de syv og syv bøker i Det Nye Testamente. Den protestantiske Bibelen, derimot, inneholder nå de trettisyv bøkene i Det gamle testamente og de syv og syv bøker i Det nye testamente.