Hovedforskjell: Pinocytose er absorpsjon av væsker, mens fagocytose er absorpsjon av faste gjenstander som egentlig er mat til cellen.
Både pinocytose og fagocytose er typer endocytose. Endocytose er en prosess hvor celler absorberer molekyler ved å oppsluke dem. Disse molekylene inkluderer ofte proteiner og andre stoffer som er viktige for cellens eksistens. Prosessen med endocytose brukes av alle celler da molekylene er store polare molekyler som ikke kan passere gjennom den hydrofobe plasma- eller cellemembranen.

Pinocytose er absorpsjon av væsker, mens fagocytose er absorpsjonen av faste gjenstander som egentlig er mat til cellen. Nesten alle celler utfører pinocytose, men fagocytose utføres bare av spesialiserte celler som beskytter vev ved å svulme bakterier, celleavfall og andre unormale materialer.
Pinocytose er i hovedsak prosessen med å absorbere væske sammen med innholdet i cellen. Cellen gjør dette ved å danne smale kanaler gjennom membranen. Disse kanalene omgir væsken og alt innholdet og deretter klemmer seg inn i vesikler, og dermed væsken blir absorbert inn i cellen. Molekylene smelter deretter sammen med lysosomer for å hydrolysere eller brytes ned. Prosessen med pinocytose krever mye energi i form av adenosintrifosfat. Dette er den kjemiske forbindelsen som vanligvis brukes som energi i de fleste celler.
Fagocytose er prosessen med å absorbere og innta partikler av cellen og ved mange protester, for eksempel amoeba å skaffe næringsstoffer. Absorbsjonsprosessen ligner pinocytose, bortsett fra at i stedet for væske er det absorberte stoffet essensielle næringsstoffer, som er omringet av kanalen og deretter klemmer seg inn i vesikler. Næringsstoffene smeltes deretter sammen med lysosomer og brytes ned av enzymer. Alt avfall blir deretter utvist fra cellen.

Fagocytose er synonymt med å spise for encellede organismer, men i multikellære dyr har denne prosessen blitt tilpasset for å eliminere avfall og rusk, i motsetning til å ta inn næringsstoffer og drivstoff til cellulære prosesser. Dette gjelder spesielt for celler i immunsystemet som bruker fagocytose til å fjerne patogener og andre celleavfall, inkludert, men ikke begrenset til bakterier, døde vevceller og små mineralpartikler.
Stoffet absorbert av fagocytose kan være like stort som cellen, noe som krever at cellen skal lage vesikler som er store nok til å omgjøre næringsstoffene. Men i pinocytose er vesiklene mye mindre, da de bare trenger å omgi væsker, som ikke har en bestemt form. Teknisk fungerer pinocytose som fagocytose, den eneste forskjellen er at fagocytose er spesifikk i stoffene det transporterer. Dette skyldes det faktum at fagocytose engler hele partikler, som senere brytes ned av enzymer, og absorberes i cellene, mens pinocytose hovedsakelig absorberer allerede oppløst eller nedbrutt mat.