Hovedforskjell: Hovedforskjellen mellom de to cellene er at prokaryote celler i utgangspunktet ikke har noen kjerner, mens eukaryotiske celler har ekte kjerner. Eukaryote celler er større og mer komplekse enn de prokaryote celler.

Alle levende organismer kan sorteres i en av to grupper avhengig av den grunnleggende strukturen i deres celler. De to hovedklassen av celler er prokaryotene og eukaryotene. Disse to celletyper har mye til felles. De utfører de samme funksjonene, og på samme måter. Begge er omsluttet av plasmamembraner, fylt med cytoplasma, og lastet med små strukturer kalt ribosom. Begge har DNA som bærer de arkiverte instruksjonene for å betjene cellen. Det er imidlertid noen forskjeller mellom de to celletyper.

Begrepet prokaryot er avledet fra det greske ordet "prokaryote", som betyr før kjerne. Prokaryoter er organismer som består av celler som mangler en cellekjerne eller noen membrankapslet organeller. Dette betyr at de ikke har noen kjerner. Også det genetiske materialet, dvs. DNA, i prokaryoter er ikke bundet i en kjerne. I tillegg er DNA'et mindre strukturert og er i en enkelt sløyfe. De fleste prokaryoter består av bare en enkelt celle og kalles som encellular organisme. Det er også noen få prokaryoter som er laget av samlinger av celler og kalles som multi-cellulære organismer. Prokaryotene er delt inn i to grupper, de er:

• Bakterie
• archaea

Eukaryoter er organismer som består av celler som har en membranbundet kjerne samt membranbundne organeller. Betegnelsen eukaryote er hentet fra det greske ordet "œeukaryoteâ", som betyr ekte eller gode kjerner. Denne cellen inneholder alle livsverdier bortsett fra monera. Disse organismene holder det genetiske materialet i sine celler. Det genetiske materialet i eukaryoter er inneholdt i en kjerne i en celle. DNA av disse organismer er strukturert og er organisert i kromosomer. DNA er også lineært og er assosiert med proteiner for å danne kromatin. Eukaryotiske organismer kan være multi-cellulære eller enkeltcellede organismer. Alle dyr anses som eukaryoter. Andre eukaryoter inkluderer planter, sopp og protister.

Prokaryotiske og eukaryote celler er begge forbundet med hverandre i størrelse og kompleksitet. Disse cellene er forskjellige fra hverandre. Men de er tydeligvis mer like forskjellige, og de er tydelig evolusjonært knyttet til hverandre. Biologer mener at den eukaryote cellen er tydelig utviklet fra den prokaryote cellen.

Sammenligning mellom prokaryotisk og eukaryotisk celle:

	Prokaryotisk celle	Eukaryotisk celle
Definisjon	Disse er organismer som består av celler som mangler en cellekjerne eller noen membrankapslet organeller.	Disse organismene består av celler som har en membranbundet kjerne samt membranbundne organeller.
Cellekjernen	Den har ingen kjerne.	Den har en ekte kjernen, avgrenset av en dobbel membran.
DNA-arrangement	Den har en sirkulær sløyfe.	Det er lineært.
Størrelse	Små celler (<5 μm)	Store celler (<10 μm)
Celle	Alltid ensartet	Mest flertalscellulært
Celleveggen	Vanligvis til stede; kjemisk komplisert i naturen	Når det er til stede, kjemisk enkelt i naturen
Protein	Det inneholder ikke protein i dets DNA.	Den inneholder proteiner i DNA for å danne kromatin.
ribosom	Den inneholder små ribosomer.	Den inneholder store ribosomer.
cytoplasma	Ingen cytoskeleton	Har alltid cytoskelett
Cell divisjon	Cell divisjon er ved binær fisjon	Cell divisjon er ved mitose
reproduksjon	Reproduksjon er alltid aseksuell	Reproduksjon er aseksuell eller seksuell
Metabolske veier	Stort utvalg av metabolske veier	Vanlige metabolske veier
flag	Består av to proteinbyggeblokker	Den er kompleks i naturen og består av flere mikrotubuli
Flercellede former	Sjelden	Vanlig med omfattende vevdannelse
Mesosomes	De utfører funksjoner av golgi-kropper og mitokondrier, og hjelper også til å separere kromosomer.	Ikke tilstede
Plasmamembran	Ingen karbohydrater og mangler steroler	Steroler og karbohydrater er begge tilstede
glycocalyx	Presenter som et kapsel eller slimlag	Til stede i noen celler som mangler en cellevegg
Eksempel	Bakterier og Archaea	Dyreceller og planteceller