Hovedforskjell: Shia er en av de to store sekterne i islam, den andre er sunnimus. Ismaili er en divisjon innen shia-sekten. Divisjonen skyldes valg av en Imam.
Før du forstår hvordan Shias er delt inn i disse tre grenene, er det viktig å forstå hvordan forskjellene mellom sunni og shia ble dannet. Under Muhammad ble alle muslimene ansett som en. Muhammed regnes som Guds endelige profet. Forskjellene fulgte Muhammeds død. Muhammed døde uten å erklære en arving for å lede det muslimske samfunnet. Det var to hovedkonkurrenter: Abu Bakr (Muhammeds svigerfar) og Ali (Muhammads fetter og svigersønn). Sunniene plukket Abu Bakr, som var en venn og en betrodende av Muhammed som en kalif for å lede og råd. Imidlertid trodde shiaene at kalifatet skulle forbli innenfor Muhammeds familie og dermed foretrukket Ali som leder. Ali ble den fjerde kalifatet under sunnimusregelen. I tillegg til disse er det andre små forskjeller på hvordan de ber og hva de tror. På grunn av disse forskjellene mellom Shia og Sunni har det vært konstant sammenstøt mellom de to sektene av islam.
Shia møtte også noen interne uenigheter om Imamene, og som skulle lede som en Imam. Under Shia islam anses en Imam som en leder som ser på veiledning for alle aspekter av livet. I følge Shia-doktrinen er Imamah en guddommelig institusjon som lyktes av profetenes institusjon. De tror at imamene blir valgt og plukket av guddommelige vesener, de har fullstendig kunnskap og kan med rette tolke Quranan. Nå er forskjellen mellom Shia forskjellig på grunn av utvalg av imamer. Ismaili er en gren av Shia islam som er oppkalt etter Ismail ibn Ja'far, som de tror er rettmessig utnevnt Imam eller åndelig etterfølger. Dette er forskjellig fra Twelvers som tror Mūsà al-Kāżim, Ismails yngre bror, som den sanne Imam.
Ismailisme, på et tidspunkt var den største gren av Shisim som var i politisk makt i det tiende og tolvte århundre. Siden Ismalisme er en gren og en del av Shias, deler de begge mange tro, blant annet at det bare er en sann Gud, og at Imamene skulle være etterkommere av Muhammed gjennom sin datter, Fatima. Både, Shias og Ismaili tror at familien Muḥammad (Ahl al-Bayt) som guddommelig valgt, ufeilbarlig og styrt av Gud for å lede det islamske samfunnet.
Nizari Ismaili er en sti (tariqah) av Shia islam, som vektlegger sosial rettferdighet, pluralisme og menneskelig grunn i rammen av den mystiske tradisjonen til islam. Det regnes som den nest største grenen av islam og danner flertallet av ismaili. Mustaali Ismaili er en sekte av ismaili shia islam. Hovedforskjellen mellom Nizari Ismaili og Mustaali Ismaili er hvem som burde ha ledet som Imam. Nizaris aksepterte Imam Nizar (den første) som den nittende Imam, mens Mustaalis anser Nizars yngre bror Mustali. Nizari-muslimene ledes for tiden av Aga Khan IV, som er kjent som Imam Shah Karim.
Ifølge Wikipedia er "The Musta'liyyah også referert til som Taiyabi eller Ṭayyibī, etter den siste Imam som de kjenner igjen, Ṭayyib Abī l-Qāṣim. Historisk var det et skille mellom Ṭayyibiyyah og Ḥāfiziyyah, sistnevnte anerkjente Fatimid-herskerne i Egypt (mellom 1130-1169) som legitime Imāms, og ikke Ṭayyib Abī l-Qāṣim. Hafizi-visningen mistet all støtte etter fallet av Fatimid-dynastiet: dagens Musta'liyya er alle Ṭayyibiyyah. Den største Mustaali-gruppen er Bohra, og den største Bohra-gruppen er Dawoodi Bohra, hovedsakelig funnet i India. Navnet Bohra er en fortolkning av Gujarati-ordet vahaurau ("for handel"). Bohrā-folket består av to hovedgrupper: en hovedsakelig handelsmannsklasse Shī'ī-flertall, og en Sunnī-minoritet som hovedsakelig er bondebønder. "
Shia og Ismaili er ganske like i deres tro og kulturer, da ismailiene er en del av shia-sekten. Alle sektene har samme tro på Allah og Muhammad. Allah er trodd på den ene og sanne Gud, med Muhammed som Guds siste profet.
